A UAç é constituída por 10 Departamentos e 2 Escolas Superiores, que se inter-relacionam consoante a interdisciplinaridade dos cursos que integram ou das áreas de investigação que partilham.
Os Departamentos e as Escolas são unidades de ensino e investigação que agrupam docentes com afinidades científicas, responsabilizando-se pela leccionação de disciplinas, que podem servir um ou mais cursos.